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PCR引物的长度通常在15-30个基础范围内,旨在侧面感兴趣的区域。引物应包含40–60%的GC,并避免可能产生内部二级结构的序列。底漆的3端不应是互补的,以避免产生底漆二聚体。引物二聚体不必要地从反应中去除底漆,并导致与所需反应竞争的不良聚合酶反应。避免在底漆的3末端连续三个G或C核苷酸,因为这可能导致非特异性底漆退火增加了不良反应产物的合成。理想情况下,两个引物的温度应几乎相同(T m),以便在大致相同的温度下使用变性模板DNA退火。
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